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Doktorand:in / Wissenschaftliche:r Mitarbeiter:in (all genders) in AI für biomedizinische Datenanalyse

Gemeinsam besser. Fürs Leben.

Wir sind das Universitätsklinikum Hamburg-Eppendorf (UKE) – und stehen für exzellente Kompetenz in Forschung, Lehre und der vollumfänglichen Gesundheitsversorgung in unseren Kliniken. Unsere rund 16.100 Mitarbeiter:innen streben jeden Tag aufs Neue danach, mit ihrem Beitrag die Welt ein bisschen gesünder zu machen.

Es ist unser Anspruch, eine der führenden Universitätskliniken zu sein – und gleichzeitig der beste Arbeitgeber unserer Branche. So glauben wir im UKE fest daran, dass erfolgreiches und erfüllendes Arbeiten im Einklang mit den persönlichen Bedürfnissen und individuellen Lebensentwürfen der Mitarbeitenden stehen sollte. Und so unterschiedlich diese sind, so vielfältig ist unser Angebot an individuellen Lösungen.

Willkommen im UKE.

Job-ID: J000006354
Art der Anstellung: Befristet
Arbeitszeit: Full time/ Part time
Bewerben bis: 04.05.2026
Unternehmensteil: UKE_Zentrum für Molekulare Neurobiologie (ZMNH)
Tätigkeitsbereich: Forschung & Wissenschaft
Bereich: Institut für Medizinische Systembioinformatik

Das macht die Position aus

Werde ein Teil des Instituts für Medizinische Systembioinformatik (www.ims.bio) und des bAIome Center for Biomedical AI (www.baiome.org), um unser dynamisches, internationales und interdisziplinäres Team zu verstärken, das an der Spitze der KI-gestützten biomedizinischen Forschung arbeitet. Deine Arbeit trägt direkt dazu bei, unser Verständnis, die Vorhersage und die Behandlung von Krankheiten zu verbessern.

Zu deinen Hauptaufgaben gehört die Analyse komplexer biomedizinischer Daten mithilfe modernster KI-Methoden und agentischer Systeme sowie die Entwicklung neuartiger Machine- und Deep-Learning-Algorithmen. Deine Arbeit reicht dabei von methodischer Innovation bis hin zur Anwendung in realen klinischen Kontexten. Du arbeitest mit multimodalen biomedizinischen Datensätzen (Omics-, Bild-, Spatial- sowie Patient:innendaten) und nutzt moderne KI-Technologien wie Graph Neural Networks, Transformer-Architekturen, Diffusionsmodelle, Foundation Models für Biologie und Medizin sowie agentische KI-Workflows wie autonome Analyse-Agenten. In enger Zusammenarbeit mit klinischen Partnern bringst du deine Forschung in praktische und klinisch relevante Anwendungen ein und trägst so zur Weiterentwicklung der Präzisions- und personalisierten Medizin bei.

Die Position ist zunächst im Rahmen eines Drittmittelprojekts auf drei Jahre befristet und mit 80-100 % der regulären wöchentlichen Arbeitszeit zu besetzen.

Darauf freuen wir uns

• Abgeschlossenes wissenschaftliches Hochschulstudium (Master) in Informatik, Bioinformatik, Data Science oder einem verwandten Fachgebiet
• Gutes Verständnis moderner Machine- und Deep-Learning-Methoden sowie Erfahrung mit Frameworks wie PyTorch oder TensorFlow/Keras und scikit-learn
• Erfahrung mit agentischen KI-Systemen, automatisierten Workflows oder LLM-basierten Entwicklungsumgebungen (z. B. OpenAI Codex, Claude Code oder vergleichbar) ist von Vorteil
• Beherrschung von Python, Linux und HPC-Umgebungen
• Erfahrung im Umgang mit multimodalen biomedizinischen Datensätzen (Omics-, Bild- und klinische Daten) ist von Vorteil
• Gute Kommunikationsfähigkeit sowie die Fähigkeit zur Zusammenarbeit mit Machine-Learning-Forschenden, Biolog:innen, Kliniker:innen und weiteren Fachdisziplinen
• Kenntnisse in Biologie und Medizin sind von Vorteil
• Nachgewiesene Fähigkeit zu eigenständiger und kreativer Forschung (z. B. durch Projekte, Publikationen oder Open-Source-Beiträge)
• Hohe Motivation, Teamfähigkeit und Begeisterung für interdisziplinäre Forschung an der Schnittstelle von KI, Biologie und Medizin
• Sehr gute Englischkenntnisse in einem internationalen und vielfältigen Arbeitsumfeld

Immunitätsstatus

Eine Einstellung ist nur möglich, wenn nach den jeweils geltenden (gesetzlichen und medizinischen) Vorgaben gegen das Masernvirus ein vollständiger Immunisierungs- bzw. Immunitätsnachweis vorliegt. Dies ist vor Beschäftigungsbeginn durch entsprechende Unterlagen (z.B. Impfausweis) nachzuweisen.

Das bieten wir

• Arbeit an modernsten KI-Methoden mit direkter klinischer Relevanz
• Zugang zu umfangreichen multimodalen biomedizinischen Datensätzen und moderner GPU-Infrastruktur
• Enge Zusammenarbeit mit Kliniker:innen, Biolog:innen und KI-Forschenden in einem hoch interdisziplinären Umfeld
• Möglichkeit zur Publikation in führenden internationalen wissenschaftlichen Fachzeitschriften und Konferenzen
• Attraktive Bezahlung nach TVöD/VKA
• Krisensicherer Arbeitsplatz, sinnstiftende Tätigkeit, wertschätzendes Miteinander
• Strukturierte Einarbeitung und offener Wissensaustausch im Team
• Umfangreiche Fort- und Weiterbildungsprogramme an unserer UKE-Akademie für Bildung und Karriere
• Möglichkeiten zur Mitgestaltung unserer Personalpolitik „UKE INside“ in berufsgruppen- und hierarchieübergreifenden Projekten
• Nachhaltig unterwegs: Zuschüsse zum Deutschlandticket als Jobticket und Dr. Bike Fahrradservice
• Familienfreundliches Arbeitsumfeld: Kooperation zur Kinderbetreuung, kostenlose Ferienbetreuung, Beratung für Beschäftigte mit pflegebedürftigen Angehörigen
• Ausgezeichnete Gesundheits-, Präventions- und Sportangebote
• Unser Mitarbeitendenrestaurant bietet eine reiche Auswahl an kulinarischen Angeboten; weitere Angebote gibt es in den „Health Kitchen“ Cafés und Bistros und in einem Supermarkt direkt auf dem Gelände

Kontakt ins UKE

Kontakt zum Fachbereich
Herr Prof. Dr. Stefan Bonn
sbonn@uke.de

Kontakt zum Recruiting
Recruiting Team
+49 (0) 40 7410-52599

Über uns

Wir leben Diversität und schätzen Vielfalt

Wir bieten ein Arbeitsumfeld, das unabhängig von Alter, Geschlecht, sexueller Identität, Behinderung, ethnischer und sozialer Herkunft oder Religion gleiche Chancen ermöglicht. Dieses bestätigen wir mit dem Beitritt zur Charta der Vielfalt. Wir streben ausdrücklich eine Erhöhung des Anteils von Frauen in Führungspositionen an, insbesondere beim wissenschaftlichen Personal in Forschung und Lehre. Gleiches gilt im Falle einer Unterrepräsentation eines Geschlechts im ausschreibenden Bereich. Personen mit Schwerbehinderung werden bei gleicher Eignung, Befähigung und fachlicher Leistung vorrangig berücksichtigt.

> Hier mehr zum Thema „Diversity im UKE“ erfahren.